总后勤部基地指挥部机关设有司令部、政治部、军需部、财务部、军械部、卫生部、物资部、油料部、运输部、营房部等部，下辖有第一基地、第二基地、第三基地、第四基地。总后勤部基地指挥部是总后勤部为了统一领导和管理全军战略后方仓库，建立新型后勤指挥系统而设立，下属单位分布在湖北省、河南省、山西省、陕西省、四川省、贵州省、湖南省等省份。

总后武汉基地于2016年上线海川软件并完成验收。